Il progetto della Casa dei Filippini ha inizio con il trasferimento della Congregazione alla Chiesa di Santa Maria in Vallicella, fatta edificare da Filippo Neri tra il 1575 e il 1593. La costruzione dell’Oratorio, delle abitazioni per i religiosi, della Sacrestia, di una Libreria, e di tutti gli ambienti di servizio per una comunità di circa cento persone, occupa un intero quartiere tra Monte Giordano e la Vallicella e dura un secolo circa.
Si avvicenderanno nella complessa costruzione vari architetti: per primo l’architetto Mario Arconio, che segue la realizzazione delle fondamenta della Sacrestia nel 1621; gli subentra Paolo Maruscelli, che rimane al servizio della Congregazione per tredici anni e al quale si deve l’impianto planimetrico di tutto il Convento e la costruzione della Sacrestia.
Francesco Borromini è l’architetto che supera il concorso pubblico bandito dalla Congregazione per un progetto complessivo: dal 1637 lavorerà alla realizzazione della facciata dell’Oratorio, del primo e secondo cortile, del Refettorio e della Sala di ricreazione, della Libreria, della Torre dell’Orologio e di tutti gli ambienti sul cortile di servizio; nel 1650 interromperà i lavori per dissapori con alcuni membri della Congregazione, quando la maggior parte del suo progetto è già realizzata. Le vicende costruttive sono pubblicate nell’Opus Architectonicum, dove Borromini scrive: «Ma prima di passar più oltre è necessario, che io avvertisca il lettore, che fra le regole statemi prescritte da’ Padri, una fu, che volevano la positivezza, massime nelle cose di loro servizio, rallentandomi solo alquanto la briglia nelle cose appartenenti al culto Divino, come è la Sacrestia, l’Oratorio, le Cappelle, e cose simili…».
Borromini è sostituito da Camillo Arcucci, che conclude il cantiere rispettando sostanzialmente il progetto borrominiano.